ジャワ海溝（ジャワかいこう Java Trench）またはスンダ海溝（スンダかいこう Sunda Trench）はスンダ列島の西側から南側にかけて位置する海溝。長さは約2,600km。
スマトラ島の北西からジャワ島の南を経て、スンバ島の南へ至るものであり、南西側に凸の弓なりの配置をしている。最大深度はジャワ島南側で約7,100m。ユーラシアプレートとインド・オーストラリアプレートの境界であり、インド・オーストラリアプレートがユーラシアプレート下に潜り込んでいる。
2004年のスマトラ島沖地震はジャワ海溝北端部を震源としている。
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